Obszar gminy Stary Dzierzgoń leży w obrębie fizyczno – geograficznego makroregionu Pojezierza Iławskiego, jednak niewielki skrawek północno - zachodniej części gminy można zaliczyć do krajobrazów żuławskich, przy przyjęciu za wyznacznik granicy Żuław poziomicę 10 m n.p.m.

Ogólne cechy przestrzeni gminy to: powierzchnia 185,86 km/2; deniwelacje w skali gminy około 128 m (skrajne wysokości bezwzględne to: około 5 m npm w północno - zachodniej części gminy i około 133 m n.p.m. w północno wschodniej części); deniwelacje lokalne dochodzące do 20-30 m; urozmaicona rzeźba terenu – łącznie typ rzeźby falistej i wysokofalistej oraz pagórkowatej i wysokopagórkowtej zajmuje około 40% powierzchni gminy; nierównomierne rozmieszczenie lasów; nierównomiernie rozwinięta sieć hydrograficzna; wyraźnie wykształcone i lokalne głęboko wcięte doliny rzeczne (Dzierzgoń, Dzierzgonka, Brzeźnica); położenie na pograniczu strefy występowania jezior (południowa część gminy); zróżnicowanie cech klimatu miejscowego, uwarunkowane głównie rzeźbą, warunkami wodnymi i układem przestrzennym lasów ; występowanie obszarów i obiektów cennych przyrodniczo i objętych ochroną prawną; względny dobry stan  ogólny środowiska przyrodniczego – nie występują tu znaczące zagrożenia, będące gdzie indziej skutkami intensywnej działalności gospodarczej  i urbanizacji; lokalne zagrożenia środowiska związane głównie z gospodarką komunalną (ścieki, odpady) i rolnictwem;

Południowa część gminy należy do terenów o szczególnych walorach ekologicznych, najcenniejszych przyrodniczo zarówno w skali krajowej jak i międzynarodowej. W Koncepcji Krajowej Sieci Ekologicznej ECONET - Polska, tereny te znajdują się w obszarze węzła ekologicznego międzynarodowej rangi. W 1993 r. objęto je ochrona prawna, włączając w granice Parku Krajobrazowego Pojezierza Iławskiego utworzonego r. Obszarowa forma ochrony objęta jest także północna i wschodnia część gminy, wchodząca w skład obszaru chronionego krajobrazu rzeki Dzierzgoń.

Południowa część terenu gminy leży w zasięgu projektowanej strefy ochronnej wstępnie udokumentowanego, Głównego Zbiornika Wód Podziemnych - GZWP Nr 210. Wymagana jest szczególna ochrona zasobów wód podziemnych, także z uwagi na występujące tu obszary o zwiększonej infiltracji wgłębnej.

Lesistość gminy wynosi ok. 20 %, kompleksy leśne koncentrują się w południowym i zachodnim fragmencie terenu gminy.